所以，朱厚熜觉得只有让大臣们害怕自己，自己的权力才能得以巩固。但问题是，无论是东厂西，厂还是锦衣卫，当时都不能被朱厚熜完全控制，所以他就耍了个小手段，指使御史萧淮等人弹劾谷大用，丘聚和张永等大太监，然后派人对他们进行严查，把八虎其他成员也给牵连进去，从而将他们一网打尽。紧接着，朱厚熜又安插自己人替代八虎，最后将太监集团和特务机关控制在了自己手里。
在掌握了特务机关之后，朱厚熜的底气充足了很多。在大礼议闹得最凶的嘉靖三年，以杨廷和之子状元杨慎为首的二百多名文官跪在左顺门外请求朱厚熜改变心意，朱厚熜雷霆震怒，于是派出锦衣卫发动左顺门案，一百多名官员被下诏狱，四十多名官员被停职戴罪。在朱厚熜的指使下，锦衣卫对四品以下官员进行廷杖，有十六人当场死亡。朱厚熜还下令停发了四品以上官员的俸禄，许多人家中因此断粮。
在这一顿猛操作之后，反对朱厚熜的文官们就集体沉默了。杨廷和因为断了羽翼，被朱厚熜的亲信弹劾，最后被削职为民，他的儿子杨慎也受到牵连，被贬黜到外地。至此，大礼议以朱厚熜的完胜而告终，事后朱厚熜在各个衙门安插了自己的亲信，整个朝廷从此完全在他的控制之下了。不得不说，朱厚熜仅仅用了三年时间，就完成了新旧势力的过度，他的手段可以是说刚柔并济，非常之有效。
经过了大议礼的洗礼之后，明朝开始出现了官员阿谀奉承和极力讨好皇帝的风气，这是皇权得到加强的典型特征。后来朱厚熜任命的内阁成员，无不以他的意志为转移，没有人敢跟他唱反调，最典型的一个人就是严嵩。朱厚熜用人的原则就是，贤与不贤倒是其次，听他的话才是最重要的。当然了，朱厚熜觉得这一切还不保险，还是得从体制上进行改革，从而进一步加强皇权。
朱厚熜首先对太监下手，取消了存在很长时间的镇守太监，将权利分散到司礼监各个太监手上，让他们相互掣肘，这样他就对太监集团和特务机关的控制就进一步加强了，他的命令可以得到更有效的执行。朱厚熜还将锦衣卫最大程度地独立于司法系统之外，将锦衣卫完全变成皇帝的私人武装部队，拥有极高的司法独立权和执行权，只听皇帝一个人的话，连内阁都不能过问，这样就对文官起到了威慑作用。
事实上，可能是因为出身问题，所以朱厚熜是一个极为敏感的人，而且安全感不足。为了加强自己的权利，使自己处在不败之地，他对一切人都保持怀疑，唯一能让他信任的东西，就只有道教。朱厚熜认为，只有自己成为神了，臣子才会怕他，所以他十分喜欢用道教神化自己，还强迫大臣们信奉道教，从而更好地侍奉他。也许是受了道教文化的影响，朱厚熜的性格开始变得捉摸不透，有啥话不喜欢明着说，而是喜欢让臣子们去猜。
因为朱厚熜喜欢让在自己保持神秘，也加深了臣子们对他的畏惧心理，而严嵩和严世蕃之所以能获得他的信任，其实还在于这父子二人特别善于猜测他的心思，做的事情能够让他满意。自1542年壬寅宫变发生之后，朱厚熜的疑心病就变得更重了，他也不愿意继续在皇宫中居住了，而是搬到西苑的万寿宫居住，开始了他二十多年不上朝的历史。
皇帝不上朝，这在历史上是一件很危险的事情，因为皇帝很容易被臣子架空，那么朱厚熜是如何做到把控皇权的呢？朱厚熜虽然不上朝，但他不可不是啥事不管，无论是京城还是地方官员的一举一动，他都一清二楚，因为他派遣了大量锦衣卫监视着群臣。把控皇权的第一步就是做到，虽身在禁中，但天下大事都在在眼中，朱厚熜在这一点上做得非常不错。
把控皇权的第二步是把控内阁。就在壬寅宫变这一年，63岁的严嵩进入了内阁。严嵩是一个阿谀奉承之人，他将朱厚熜视若神明。更难能可贵的是，严嵩为了取悦朱厚熜，可以不惜财力，人力和物力，以此来满足朱厚熜的任何要求。如此听话又得力的人，朱厚熜怎能不喜欢呢，所以他很快让严嵩取代夏言成为内阁首辅。所以只要有严嵩在，朱厚熜就可以做到，即使自己不上朝，皇权依然稳固，国家大事也不会耽误。
所以朱厚熜后来虽然知道严嵩和严世蕃贪污受贿，在外为非作歹，但依然睁一只眼闭一只眼，其实他是有自己深层考虑的。就像《大明王朝1566》中朱厚熜说的一句话，大意是，严嵩办事得力，只要他不太过分，都是可以容忍的。当然，朱厚熜不可能完全信任严嵩。严嵩逐渐把持朝政之后，朱厚熜也会找一些人来限制他，就比如说反严派人物徐阶和张居正等人，朱厚熜将他们调入内阁，让他们跟严嵩和严世蕃相互撕逼，朱厚熜则稳坐钓鱼台，将两派人物玩弄于股掌之间。
